A finales de mayo está de vuelta en París. Se entera de los trágicos sucesos en España: la abdicación de Carlos IV en Fernando VII que acaba traspasando el poder a su padre y éste a Napoleón, que pondrá en el trono español a su hermano José I; el alzamiento masivo contra Napoleón del dos de mayo en Madrid, y los fusilamientos consiguientes de estos días, comenzando la Guerra de la Independencia en toda España.

El 20 de junio se evacuó el Gabinete de Máquinas, cuyos planos y maquetas se llevaron a la Academia de San Fernando, pues sus dependencias se utilizarán de cuarteles para alojamiento de las tropas napoleónicas, hasta que se libere Madrid y vuelvan al Buen Retiro en septiembre, bajo la supervisión de José Sureda.

En la Escuela Politécnica de París Betancourt y Lanz presentan su Essai sur la composition des machines. Su primera edición saldrá este año, estando ya Betancourt en Rusia, precedida del Programme du cours élémentaire des machines de Hachette, que éste había impartido en la Politécnica en 1806.

Betancourt vuelve a dejar en manos de Breguet la administración de sus bienes antes de partir a mediados de septiembre hacia Rusia con su mujer e hijos

En octubre Betancourt se vuelve a entrevistar con el zar Alejandro I en Erfurt y el 30 de octubre ya está instalado en San Petersburgo con su familia. Ya no volverá a salir de Rusia.