Técnico y economista nacido en Málaga.
En la época de los ochenta trabajó en asuntos mineros, siendo pensionado por la Secretaría de Hacienda para ampliar estudios en la entonces célebre Escuela de Minas de Schemmitz en Hungría. Éste era uno de los centros más avanzados de Europa en minería y metalurgia, actividades que tenían una vital importancia para la Corona española.
En 1788, tras la muerte de Juan de la Fuente y el abandono de José de Betancourt y Antonio Álvarez, Juan López de Peñalver se incorporó al grupo de pensionados españoles en París.
Entre 1788 y 1791 Peñalver colabora con entusiasmo en la formación del Real Gabinete de Máquinas y completa su formación científica en la École des Ponts et Chaussées. A él se deben los diseños que figuran en el Real Gabinete relativos al achique minero llamados columna de agua.
Betancourt y Peñalver, antes de salir de Francia, redactaron una Memoria sobre los medios de facilitar el comercio interior..., fechada en París el 20 de junio de 1791. En ella se trata de la importancia de los caminos y canales para el desarrollo del comercio y el abaratamiento del transporte de mercancías, proponiendo ambos autores el establecimiento de peajes en función del peso del carruaje y el ancho de las llantas.
Antes de abandonar París, Peñalver es comisionado para unirse a uno de los grupos de científicos franceses que habían sido designados para efectuar mediciones de un arco de meridiano en suelo español, dirigidas por Jean Baptiste Delambre y Pierre Méchain. Su participación, junto con el matemático español José Chaix, le acredita ya por entonces como un físico muy notable.
Peñalver se incorporó al Real Gabinete de Máquinas de Madrid en los primeros meses de 1793, una vez terminadas las misiones científicas relacionadas con las mediciones del meridiano. Las crecientes ausencias de Betancourt y sus viajes de trabajo y espionaje industrial hicieron que Peñalver asumiera responsabilidades crecientes en la vida del Gabinete, convirtiéndose en encargado del mismo, y publicando en 1794 el Catálogo del Real Gabinete de Máquinas. Años más tarde, en 1797, inició la Descripción de las Máquinas de más general utilidad que hay en el Gabinete de ellas, establecido en el Buen Retiro, llegando a publicar cuatro monografías.
En 1802 fue elegido por Betancourt como profesor de la Escuela de Caminos y Canales, siendo su colaborador más próximo en el Real Gabinete de Máquinas, donde se impartían las clases prácticas.
En 1807, antes de que Betancourt emprendiera su viaje a Rusia, Peñalver es nombrado director del Canal Imperial de Aragón y comienza a preocuparse por el comercio interior de granos y por los aspectos económicos derivados del mismo. Peñalver destacó como un notable economista y a él se debe la publicación en 1812 de una monografía que lleva por título Reflexiones sobre la variación del precio del trigo, obra en la que se propone, con la ayuda de una sólida formulación matemática, la determinación de los límites máximo y mínimo entre los que podía oscilar el precio del trigo sin causar efectos indeseables y perniciosos.
Peñalver sobrevivió durante años como pudo en una España difícil. Al reabrirse en 1821 la Escuela de Ingenieros de Caminos y Canales, se reincorporó a la misma durante la breve etapa que permaneció abierta (1821 – 1823).
En 1824, Fernando VII crea en Madrid el Real Conservatorio de Artes, institución que recogió los restos que no habían perecido del Real Gabinete de Máquinas, nombrando director a Juan López de Peñalver, cargo que ejerce hasta su muerte en 1835.
Peñalver consagró una parte importante de su actividad a la traducción de obras extranjeras al castellano, como las Cartas a una princesa de Alemania sobre Física y Filosofía del gran matemático Euler. Del espíritu de las Leyes, obra emblemática de Montesquieu, o la Relación circunstanciada de la campaña de Rusia en 1812, de Labaume.