El vulcanismo
La primera polémica en que se vio envuelta la teoría neptunista se centró en el origen del basalto. La ausencia de volcanes activos en Alemania y la aversión de Werner a los viajes habían motivado que nunca le concediera importancia a la actividad volcánica en la formación de la Tierra. En cambio, los geólogos franceses e italianos que habían estudiado los volcanes antiguos de la Auvernia o los activos de la Campania y Sicilia le otorgaban mucha importancia al vulcanismo en la configuración del paisaje terrestre.
El basalto es una roca cristalina oscura que abundaba en Sajonia, la región natal de Werner. Según su opinión las erupciones de lava eran el resultado de la fusión del basalto y otras rocas por el calor generado por la combustión espontánea de los depósitos subterráneos de carbón, una idea original del geólogo francés Jean- Étienne Guettard (1715-1786). Ambos creían que el basalto se formaba por precipitación detrítica en un fluido acuoso y su posterior cristalización. Werner nunca intentó refutar a los geólogos que consideraban el basalto como una roca de origen volcánico.
Nicholas Desmarest (1725-1815) fue un alto cargo de la Administración francesa que realizó intensas investigaciones sobre los volcanes extinguidos de la Auvernia. Encontró rocas volcánicas columnares que pudo relacionar con coladas antiguas de lava. Comprendió que muchos volcanes antiguos habían desaparecido por la erosión, quedando reducidos a escorias. En 1774 publicó una monografía donde consideraba que el basalto era el resultado de la fusión del granito. En años posteriores cada vez más geólogos fueron aportando pruebas de que el basalto era de origen volcánico. Otro problema añadido para el neptunismo vino a través de Déodat de Dolomieu (1750-1801), quien afirmaba que el granito no era una roca primitiva, como sostenía Werner, sino que bajo él había otro tipo de rocas que lo habían atravesado abriendo vías de escape a la lava basáltica. Por consiguiente, la fuente de calor no podía provenir de los estratos carboníferos, sino debía hallarse baja la corteza terrestre.