Neptunismo contra plutonismo
El descrédito y abandono del neptunismo llegaría a comienzos del siglo XIX, cuando tres ilustres naturalistas discípulos de Werner se pasaron al plutonismo: Alexander von Humboldt, Jean d’Aubuisson y Leopold von Buch. El francés d’Aubuisson escribió un tratado sobre los basaltos de Sajonia desde la perspectiva werneriana, pero cuando fue a estudiar los volcanes de la Auvernia encontró basaltos recubiertos por estratos de granito de gran espesor; los cráteres que vio con coladas de lava lo convencieron de que los basaltos eran lavas antiguas, una tesis frontalmente opuesta al neptunismo. Leopold von Buch fue el mayor propagandista de las teorías de Werner, gracias a la difusión de una obra en la que relataba sus investigaciones geológicas en Alemania e Italia. Fue también el estudio de los volcanes de la Auvernia lo que lo convenció del origen ígneo del basalto. En un viaje a Escandinavia encontró diques de granito que atravesaban estratos de calizas fosilíferas visiblemente alteradas por el calor, algo que lo decidió a pasarse al plutonismo, aunque nunca lo reconoció públicamente. En 1815 viajó a Canarias, donde estudió el vulcanismo de Tenerife y La Palma, admitiendo su importancia en la configuración del paisaje. En su opinión el Teide y el volcán que originó la Caldera de Taburiente se habían formado por elevación de terreno submarino.
En 1799, el geólogo y químico irlandés Richard Kirwan (1733-1812), en sus atacó duramente el plutonismo de Hutton, lo que motivó que John Playfair, amigo de este, se decidiera a escribir en su defensa _ Ilustraciones de la Teoría de Hutton . Otro plutonista importante fue el geólogo escocés James Hall (1761-1832), que se dedicó al análisis químico de la composición de los estratos de Escocia y de las lavas de volcanes de Italia. La polémica entre neptunismo y plutonismo fue protagonizada en Edimburgo por el experto minerólogo Robert Jamieson (1774-1854), que había sido alumno de Werner y fue el autor de la mejor exposición en inglés del neptunismo, en el tercer tomo de su _Sistema de Mineralogía. Atribuía parte de los errores de Hutton a su escasa formación en mineralogía y consideraba que el gneis, el granito y las pizarras micáceas y arcillosas no podían ser de ninguna manera el resultado de procesos de fusión e intrusión, sino que eran rocas primitivas productos de precipitación.
En 1808 Jamieson fundó la Sociedad Werneriana, cuyo órgano de expresión fueron las Memorias anuales. Al igual que le había pasado a su maestro, también a Jamieson lo fueron abandonando sus mejores discípulos, como William Fitton, Ami Boué y Charles Darwin lo fueron abandonando a medida que el plutonismo iba ganando terreno. Los miembros de la Geological Society de Londres, fundada en 1807, se inclinaban en su mayoría a favor de las doctrinas de Hutton. El desarrollo de la técnica de correlación estratigráfica a partir de los fósiles, gracias a los trabajos de William Smith, Georges Cuvier y Adolphe Brongniart, contribuyeron a que la polémica entre neptunismo y plutonismo desapareciera del escenario en los años 20.